세월호 참사 당시 응급헬기가 해경 간부 이동에 이용되어 구조가 지연되고 결국 피해자가 사망에 이르렀다는 의혹이 제기된 데 이어, 세월호 참사 당시 구조 적정성에 대한 문제제기가 계속되고 있다. 

11월 26일 < 한겨레 > 보도에 따르면, 세월호 참사 당일 오전 9시 43분 광주소방본부 헬기는 구조대원 2명을 태우고 맹골수도로 향했다. 오전 10시 6분경 전남도청을 경유하라는 지시를 받고 전남도청 앞에서 전남 부지사와 전남 소방본부장을 태우고 현장으로 향했다. 

오전 10시 35분경 현장에 도착했지만 전남 소방본부장 지시로 현장을 10분간 선회하고 팽목항에 착륙한 후 대기하라는 지시를 받았다. 

오전 10시 43분경 현장 구조를 위해 이륙한 전남소방본부 헬기는 박준영 당시 전남도지사를 태우고 가라는 지시를 받고 오전 10시 53분 전남도청에 도착, 24분가량 전남 도지사를 기다리고 그를 태워 현장으로 이동한 바 있다. 

결국, 세월호 참사 현장에서 시각을 다퉈 구조활동을 해야 할 헬기와 구조대원들이 전남 도지사, 부지사 등의 의전에 동원되어 정작 구조작업은 지연된 것이 아니냐는 지적이다.

세월호 참사 최초 피해자 단원고 교사 고 양승진 씨에 대한 구조와 수색이 없었다는 정황도 나왔다. < 경향신문 >은 최초로 세월호가 기울어진 시간은 2014년 4월 16일 오전 8시 49분쯤이며, 최초 신고는 오전 8시 52분 전남119종합상황실에 접수됐다. 오전 9시 4분에는 세월호 선원이 122(해양긴급신고)에 사람이 한 명 빠졌다고 신고했다.

하지만 해경의 통신자료와 해경 관계자들의 검찰, 감사원 진술조사 등을 살펴본 결과, 해경이 양승진 씨를 구조, 수색하기 위한 정황이 없었다고 밝혔다. 

지난 22일 세월호참사 특별수사단은 해양경찰청 본청, 서해지방해양경찰청, 목포·완도·여수 해양경찰서 등 10여 곳을 압수수색했으며, 23일 특수단 관계자는 압수수색 과정에서 교신기록 원본 등을 확보했다고 밝혔다. 검찰은 해경 구조과정에서 드러난 과실 여부에 초점을 맞추고 수사할 방침이다. 

사회적참사특별조사위원회는 지난 13일 검찰에 해경지휘부의 업무상 과실치사 혐의를 수사 요청했으며, 관련 수사가 신속하고 정확하게 진행되도록 검찰 특수단과 적극 협조하겠다고 밝혔다. 

한편, 21일 군 검찰은 2016년 박근혜 정부 당시 청와대 위기관리센터장으로 임명되어 근무하고 있던 권영호 사단장이 2017년 부하직원들에게 세월호 문건 등을 무단파쇄하도록 지시한 혐의로 수사 중이다.